Изследователи откриват мистериозен ген в генетичния код на коронавируса SARS-CoV-2 - сегмент, практически скрит в генома на вируса и до голяма степен пренебрегван досега.
Новоидентифицираният ген - наречен ORF3d - е пример за това, което се нарича припокриващ се ген, един вид „ген в гена“, който ефективно е скрит в низ от нуклеотиди, поради начина, по който припокрива кодираните последователности на други гени.
„По отношение на размера на генома SARS-CoV-2 и неговите роднини са сред най-дългите съществуващи РНК вируси“, обяснява биоинформатикът Чейс Нелсън (Chase Nelson) от Американския природонаучен музей.
"Заради това те са може би по-склонни към "геномни измами", отколкото други РНК вируси."
Вирусите всъщност са доста склонни да вместват припокриващи се гени, така че това не е шокиращо откритие. Дали ORF3d наистина представлява геномен трик, предстои да разберем, но във всеки случай със сигурност е трудно да се види.
Припокриващите се гени са трудни за идентифициране в генетичните секвенции, тъй като системите за геномно сканиране често могат да ги пропуснат, когато преминават през низове от генетичен код - програмирани да откриват отделни гени, но не е задължително да забелязват припокриващите се инструкции, споделени между нуклеотидите на съседни гени в секвенцията.
В контекста на вируси като SARS-CoV-2, това може да доведе до сериозно сляпо петно. От началото на тази година учените се надпреварват да разберат възможно най-много за този опустошителен вирус и докато някои аспекти на генетичния му състав са изяснени (включително твърдият консенсус, че той не е „направен в лаборатория“ ), остават още неизвестни.
"Липсата на припокриващи се гени ни поставя в опасност да пренебрегваме важни аспекти на вирусната биология", коментира Нелсън.
"Припокриващите се гени може да са един от арсенала начини, по които коронавирусите са еволюирали, за да се репликират ефективно, да преодолеят имунитета на гостоприемника или да се разпространят".
Що се отнася до ORF3d, предстои още много да се научи защо е там, скрит в генома и пресичащ други гени.
Сканирайки геномни бази данни, изследователите установиха, че генът е идентифициран и преди, но само в един вариант на коронавирус, който засяга панголини (намерен в Гуангси, Китай).
Преди това също е бил погрешно класифициран като гена ORF3b - който присъства в други коронавируси, включително SARS-CoV - но всъщност те не са едно и също нещо.
„Двата гена не са свързани и кодират напълно различни протеини“, отбелязва Нелсън. „Това означава, че знанията за ORF3b в SARS-CoV не трябва да се прилагат за ORF3d в SARS-CoV-2“.
Това, което се знае за мистериозния ген, на базата на предишно проучване на кръвта на пациенти с COVID-19, е, че ORF3d предизвиква силен отговор на антитела.
Що се отнася до това дали Т-клетките също ще бъдат задействани - или какви други вирусни цели може да има припокриващият се ORF3d - все още сме на тъмно. Може да е относително доброкачествено. Може да не е така.
"Все още не знаем неговата функция или дали има клинично значение", подчертава Нелсън.
"Но предвиждаме, че този ген е сравнително малко вероятно да бъде открит с помощта на Т-клетъчен отговор, за разлика от отговора на антителата. И може би това има нещо общо с начина, по който генът е могъл да възникне".
Едно нещо е сигурно. При вирус, който има само около 15 известни гена, откриването на друг - камо ли припокриващ се ген - е значителен напредък. Доколко е важен - предстои да се разбере.
Справка: Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic, Chase W Nelson et al., eLife 2020;9:e59633 DOI: 10.7554/eLife.59633
Източник: Scientists Just Found a Mysteriously Hidden 'Gene Within a Gene' in SARS-CoV-2, ScienceAlert
Коментари
Моля, регистрирайте се от TУК!
Ако вече имате регистрация, натиснете ТУК!
Няма коментари към тази новина !
Последни коментари