Лошa новинa, обвитa в белтъци: поглед в генома на SARS-CoV-2 коронавирус

Вирусът е "просто лошa новинa, обвита в белтък”, написаха биолозите Жан и Питър Медавар през 1977 г.

През януари учените дешифрираха една „много лоша новина“: геномът на вируса SARS-CoV-2, който причинява Covid-19. Пробата идва от 41-годишен мъж, който е работил на пазара за морска xрана в Ухан, където се появиха и първите заболели.

Сега изследователите се надпреварват да осмислят информацията закодирана във вирусния геном, която може да вдъхнови лекарства, ваксини и други инструменти за борба с продължаващата пандемия.

Последователност от РНК

Вирусите трябва да превземат живите клетки, за да се размножават и разпространяват. Когато коронавирусът намери подходяща клетка, той инжектира в нея последователност от РНК, която съдържа целия коронавирусен геном.

Геномът на новия вирус се състои от по-малко от 30 000 „букви.“ (За сравнение човешкият геном съдържа над 3 милиарда). Учените са идентифицирали в него гените за 29 белтъка, които изпълняват редица функции: от произвеждането на копия на коронавируса до потискане на имунната реакция на заразения организъм. Тези 29 белтъка се делят на три вида: 4 структурни белтъка, които изграждат вирусната частица, 16 неструктурни белтъка, (NSP) необходими за създаването на нови копия на коронавируса и помощни белтъци, които променят средата вътре в заразената клетка, за да улеснят намножаването на вируса

Първата последователност от РНК букви гласи:

auuaaagguuuauaccuucccagguaacaaaccaaccaacuuucgaucucuuguagaucuguucucuaaacgaacuuuaaaa
ucuguguggcugucacucggcugcaugcuuagugcacucacgcaguauaauuaauaacuaauuacugucguugacaggacac
gaguaacucgucuaucuucugcaggcugcuuacgguuucguccguguugcagccgaucaucagcacaucuagguuucguccg
ggugugaccgaaagguaag

Тази последователност се разпознава от белтъчен комплекс в заразената клетка, който разчита буквите на РНК - a, c, g и u - и ги превежда в коронавирусни белтъци. Пълният коронавирусен геном и белтъците, които кодира, са показани по-долу.

Верига от белтъци · ORF1ab

Първият вирусен белтък, създаден вътре в заразената клетка, всъщност е верига от 16 белтъка, обединени заедно. Два от тези белтъкa действат като ножица, прекъсвайки връзките между различните белтъци, за да ги освободят да си свършат работата. Изследванията на други коронавируси дават на учените добро разбиране за това, което правят някои от белтъците SARS-CoV-2. Но други белтъци са далеч по-загадъчни, а някои може да и не направят нищо.

Клетъчният саботьор · NSP1

Този белтък забавя производството на собствени белтъци на заразените клетки. Този саботаж принуждава клетката от една страна да произвежда повече вирусни белтъци и от друга не ѝ позволява да сглобява антивирусни белтъци, които биха могли да спрат вируса.

Ген на NSP1.

auggagagccuugucccugguuucaacgagaaaacacacguccaacucaguuugccuguuuuacagguucgcgacgugcuc
guacguggcuuuggagacuccguggaggaggucuuaucagaggcacgucaacaucuuaaagauggcacuuguggcuuagu
agaaguugaaaaaggcguuuugccucaacuugaacagcccuauguguucaucaaacguucggaugcucgaacugcaccuca
uggucauguuaugguugagcugguagcagaacucgaaggcauucaguacggucguaguggugagacacuugguguccuu
gucccucaugugggcgaaauaccaguggcuuaccgcaagguucuucuucguaagaacgguaauaaaggagcugguggcca
uaguuacggcgccgaucuaaagucauuugacuuaggcgacgagcuuggcacugauccuuaugaagauuuucaagaaaacu
ggaacacuaaacauagcagugguguuacccgugaacucaugcgugagcuuaacggaggg

Мистериозния белтък · NSP2

Учените не са сигурни какво прави NSP2, но белтъците, с които той се свързва, могат да предложат някои улики. Два от тях помагат за движението в клетката на пълни с молекули мехурчета, наречени ендозоми.

Ген на NSP2:

gcauacacucgcuaugucgauaacaacuucuguggcccugauggcuacccucuugagugcauuaaagaccuucuagcacgu
gcugguaaagcuucaugcacuuuguccgaacaacuggacuuuauugacacuaagagggguguauacugcugccgugaaca
ugagcaugaaauugcuugguacacggaacguucugaaaagagcuaugaauugcagacaccuuuugaaauuaaauuggca
aagaaauuugacaccuucaauggggaauguccaaauuuuguauuucccuuaaauuccauaaucaagacuauucaaccaag
gguugaaaagaaaaagcuugauggcuuuauggguagaauucgaucugucuauccaguugcgucaccaaaugaaugcaacc
aaaugugccuuucaacucucaugaagugugaucauuguggugaaacuucauggcagacgggcgauuuuguuaaagccacu
ugcgaauuuuguggcacugagaauuugacuaaagaaggugccacuacuugugguuacuuaccccaaaaugcuguuguuaa
aauuuauuguccagcaugucacaauucagaaguaggaccugagcauagucuugccgaauaccauaaugaaucuggcuuga
aaaccauucuucguaaggguggucgcacuauugccuuuggaggcuguguguucucuuauguugguugccauaacaagugu
gccuauuggguuccacgugcuagcgcuaacauagguuguaaccauacagguguuguuggagaagguuccgaaggucuuaa
ugacaaccuucuugaaauacuccaaaaagagaaagucaacaucaauauuguuggugacuuuaaacuuaaugaagagaucg
ccauuauuuuggcaucuuuuucugcuuccacaagugcuuuuguggaaacugugaaagguuuggauuauaaagcauucaa
acaaauuguugaauccugugguaauuuuaaaguuacaaaaggaaaagcuaaaaaaggugccuggaauauuggugaacag
aaaucaauacugaguccucuuuaugcauuugcaucagaggcugcucguguuguacgaucaauuuucucccgcacucuugaa
acugcucaaaauucugugcguguuuuacagaaggccgcuauaacaauacuagauggaauuucacaguauucacugagacu
cauugaugcuaugauguucacaucugauuuggcuacuaacaaucuaguuguaauggccuacauuacaggugguguuguu
caguugacuucgcaguggcuaacuaacaucuuuggcacuguuuaugaaaaacucaaacccguccuugauuggcuugaaga
gaaguuuaaggaagguguagaguuucuuagagacgguugggaaauuguuaaauuuaucucaaccugugcuugugaaau
ugucgguggacaaauugucaccugugcaaaggaaauuaaggagaguguucagacauucuuuaagcuuguaaauaaauuu
uuggcuuugugugcugacucuaucauuauugguggagcuaaacuuaaagccuugaauuuaggugaaacauuugucacgc
acucaaagggauuguacagaaaguguguuaaauccagagaagaaacuggccuacucaugccucuaaaagccccaaaagaaa
uuaucuucuuagagggagaaacacuucccacagaaguguuaacagaggaaguugucuugaaaacuggugauuuacaacca
uuagaacaaccuacuagugaagcuguugaagcuccauugguugguacaccaguuuguauuaacgggcuuauguugcucga
aaucaaagacacagaaaaguacugugcccuugcaccuaauaugaugguaacaaacaauaccuucacacucaaaggcggu

Срязване·и премахване на маркиране NSP3

NSP3 е голям белтък, който има две важни задачи. Едната е срязване и освобождаване на други вирусни белтъци, така че те да могат да вършат собствените си задачи. Той също така променя много от белтъците на заразената клетка. Обикновено здравата клетка маркира стари белтъци за унищожаване. Но коронавирусът може да премахне тези маркери, променяйки баланса на белтъците и евентуално намаляване на способността на клетката да се бори с вируса.

Ген на NSP3:

gcaccaacaaagguuacuuuuggugaugacacugugauagaagugcaagguuacaagagugugaauaucacuuuugaacuu
gaugaaaggauugauaaaguacuuaaugagaagugcucugccuauacaguugaacucgguacagaaguaaaugaguucgcc
uguguuguggcagaugcugucauaaaaacuuugcaaccaguaucugaauuacuuacaccacugggcauugauuuagaugag
uggaguauggcuacauacuacuuauuugaugagucuggugaguuuaaauuggcuucacauauguauuguucuuucuaccc
uccagaugaggaugaagaagaaggugauugugaagaagaagaguuugagccaucaacucaauaugaguaugguacugaag
augauuaccaagguaaaccuuuggaauuuggugccacuucugcugcucuucaaccugaagaagagcaagaagaagauuggu
uagaugaugauagucaacaaacuguuggucaacaagacggcagugaggacaaucagacaacuacuauucaaacaauuguug
agguucaaccucaauuagagauggaacuuacaccaguuguucagacuauugaagugaauaguuuuagugguuauuuaaaa
cuuacugacaauguauacauuaaaaaugcagacauuguggaagaagcuaaaaagguaaaaccaacagugguuguuaaugca
gccaauguuuaccuuaaacauggaggagguguugcaggagccuuaaauaaggcuacuaacaaugccaugcaaguugaaucu
gaugauuacauagcuacuaauggaccacuuaaagugggugguaguuguguuuuaagcggacacaaucuugcuaaacacugu
cuucauguugucggcccaaauguuaacaaaggugaagacauucaacuucuuaagagugcuuaugaaaauuuuaaucagcac
gaaguucuacuugcaccauuauuaucagcugguauuuuuggugcugacccuauacauucuuuaagaguuuguguagauac
uguucgcacaaaugucuacuuagcugucuuugauaaaaaucucuaugacaaacuuguuucaagcuuuuuggaaaugaaga
gugaaaagcaaguugaacaaaagaucgcugagauuccuaaagaggaaguuaagccauuuauaacugaaaguaaaccuucag
uugaacagagaaaacaagaugauaagaaaaucaaagcuuguguugaagaaguuacaacaacucuggaagaaacuaaguucc
ucacagaaaacuuguuacuuuauauugacauuaauggcaaucuucauccagauucugccacucuuguuagugacauugaca
ucacuuucuuaaagaaagaugcuccauauauagugggugauguuguucaagaggguguuuuaacugcugugguuauaccu
acuaaaaaggcugguggcacuacugaaaugcuagcgaaagcuuugagaaaagugccaacagacaauuauauaaccacuuacc
cgggucaggguuuaaaugguuacacuguagaggaggcaaagacagugcuuaaaaaguguaaaagugccuuuuacauucuac
caucuauuaucucuaaugagaagcaagaaauucuuggaacuguuucuuggaauuugcgagaaaugcuugcacaugcagaag
aaacacgcaaauuaaugccugucuguguggaaacuaaagccauaguuucaacuauacagcguaaauauaaggguauuaaaa
uacaagagggugugguugauuauggugcuagauuuuacuuuuacaccaguaaaacaacuguagcgucacuuaucaacacac
uuaacgaucuaaaugaaacucuuguuacaaugccacuuggcuauguaacacauggcuuaaauuuggaagaagcugcucggu
auaugagaucucucaaagugccagcuacaguuucuguuucuucaccugaugcuguuacagcguauaaugguuaucuuacuu
cuucuucuaaaacaccugaagaacauuuuauugaaaccaucucacuugcugguuccuauaaagauugguccuauucuggac
aaucuacacaacuagguauagaauuucuuaagagaggugauaaaaguguauauuacacuaguaauccuaccacauuccacc
uagauggugaaguuaucaccuuugacaaucuuaagacacuucuuucuuugagagaagugaggacuauuaagguguuuaca
acaguagacaacauuaaccuccacacgcaaguuguggacaugucaaugacauauggacaacaguuugguccaacuuauuugg
auggagcugauguuacuaaaauaaaaccucauaauucacaugaagguaaaacauuuuauguuuuaccuaaugaugacacuc
uacguguugaggcuuuugaguacuaccacacaacugauccuaguuuucuggguagguacaugucagcauuaaaucacacua
aaaaguggaaauacccacaaguuaaugguuuaacuucuauuaaaugggcagauaacaacuguuaucuugccacugcauugu
uaacacuccaacaaauagaguugaaguuuaauccaccugcucuacaagaugcuuauuacagagcaagggcuggugaagcug
cuaacuuuugugcacuuaucuuagccuacuguaauaagacaguaggugaguuaggugauguuagagaaacaaugaguuacu
uguuucaacaugccaauuuagauucuugcaaaagagucuugaacgugguguguaaaacuuguggacaacagcagacaaccc
uuaaggguguagaagcuguuauguacaugggcacacuuucuuaugaacaauuuaagaaagguguucagauaccuuguacg
ugugguaaacaagcuacaaaauaucuaguacaacaggagucaccuuuuguuaugaugucagcaccaccugcucaguaugaa
cuuaagcaugguacauuuacuugugcuagugaguacacugguaauuaccaguguggucacuauaaacauauaacuucuaaa
gaaacuuuguauugcauagacggugcuuuacuuacaaaguccucagaauacaaagguccuauuacggauguuuucuacaaa
gaaaacaguuacacaacaaccauaaaaccaguuacuuauaaauuggaugguguuguuuguacagaaauugacccuaaguug
gacaauuauuauaagaaagacaauucuuauuucacagagcaaccaauugaucuuguaccaaaccaaccauauccaaacgcaa
gcuucgauaauuuuaaguuuguaugugauaauaucaaauuugcugaugauuuaaaccaguuaacugguuauaagaaaccu
gcuucaagagagcuuaaaguuacauuuuucccugacuuaaauggugaugugguggcuauugauuauaaacacuacacaccc
ucuuuuaagaaaggagcuaaauuguuacauaaaccuauuguuuggcauguuaacaaugcaacuaauaaagccacguauaaa
ccaaauaccugguguauacguugucuuuggagcacaaaaccaguugaaacaucaaauucguuugauguacugaagucagag
gacgcgcagggaauggauaaucuugccugcgaagaucuaaaaccagucucugaagaaguaguggaaaauccuaccauacaga
aagacguucuugaguguaaugugaaaacuaccgaaguuguaggagacauuauacuuaaaccagcaaauaauaguuuaaaaa
uuacagaagagguuggccacacagaucuaauggcugcuuauguagacaauucuagucuuacuauuaagaaaccuaaugaau
uaucuagaguauuagguuugaaaacccuugcuacucaugguuuagcugcuguuaauagugucccuugggauacuauagcua
auuaugcuaagccuuuucuuaacaaaguuguuaguacaacuacuaacauaguuacacgguguuuaaaccguguuuguacua
auuauaugccuuauuucuuuacuuuauugcuacaauuguguacuuuuacuagaaguacaaauucuagaauuaaagcaucua
ugccgacuacuauagcaaagaauacuguuaagagugucgguaaauuuugucuagaggcuucauuuaauuauuugaagucac
cuaauuuuucuaaacugauaaauauuauaauuugguuuuuacuauuaaguguuugccuagguucuuuaaucuacucaaccg
cugcuuuagguguuuuaaugucuaauuuaggcaugccuucuuacuguacugguuacagagaaggcuauuugaacucuacua
augucacuauugcaaccuacuguacugguucuauaccuuguaguguuugucuuagugguuuagauucuuuagacaccuauc
cuucuuuagaaacuauacaaauuaccauuucaucuuuuaaaugggauuuaacugcuuuuggcuuaguugcagagugguuu
uuggcauauauucuuuucacuagguuuuucuauguacuuggauuggcugcaaucaugcaauuguuuuucagcuauuuugc
aguacauuuuauuaguaauucuuggcuuaugugguuaauaauuaaucuuguacaaauggccccgauuucagcuaugguua
gaauguacaucuucuuugcaucauuuuauuauguauggaaaaguuaugugcauguuguagacgguuguaauucaucaacu
uguaugauguguuacaaacguaauagagcaacaagagucgaauguacaacuauuguuaaugguguuagaagguccuuuua
ugucuaugcuaauggagguaaaggcuuuugcaaacuacacaauuggaauuguguuaauugugauacauucugugcuggua
guacauuuauuagugaugaaguugcgagagacuugucacuacaguuuaaaagaccaauaaauccuacugaccagucuucuu
acaucguugauaguguuacagugaagaaugguuccauccaucuuuacuuugauaaagcuggucaaaagacuuaugaaagac
auucucucucucauuuuguuaacuuagacaaccugagagcuaauaacacuaaagguucauugccuauuaauguuauaguuu
uugaugguaaaucaaaaugugaagaaucaucugcaaaaucagcgucuguuuacuacagucagcuuaugugucaaccuauac
uguuacuagaucaggcauuagugucugauguuggugauagugcggaaguugcaguuaaaauguuugaugcuuacguuaa
uacguuuucaucaacuuuuaacguaccaauggaaaaacucaaaacacuaguugcaacugcagaagcugaacuugcaaagaa
uguguccuuagacaaugucuuaucuacuuuuauuucagcagcucggcaaggguuuguugauucagauguagaaacuaaag
auguuguugaaugucuuaaauugucacaucaaucugacauagaaguuacuggcgauaguuguaauaacuauaugcucacc
uauaacaaaguugaaaacaugacaccccgugaccuuggugcuuguauugacuguagugcgcgucauauuaaugcgcaggua
gcaaaaagucacaacauugcuuugauauggaacguuaaagauuucaugucauugucugaacaacuacgaaaacaaauacgu
agugcugcuaaaaagaauaacuuaccuuuuaaguugacaugugcaacuacuagacaaguuguuaauguuguaacaacaaag
auagcacuuaaggguggu

Изграждане · на мехурчета NSP4

Комбинирайки се с други белтъци, NSP4 помага за изграждането на пълни с течност мехурчета в заразените клетки. Вътре в тези мехурчета сe конструират части за нови копия на вируса.

Ген на NSP4:

aaaauuguuaauaauugguugaagcaguuaauuaaaguuacacuuguguuccuuuuuguugcugcuauuuucuauuuaau
aacaccuguucaugucaugucuaaacauacugacuuuucaagugaaaucauaggauacaaggcuauugaugguggugucacu
cgugacauagcaucuacagauacuuguuuugcuaacaaacaugcugauuuugacacaugguuuagccagcguggugguaguu
auacuaaugacaaagcuugcccauugauugcugcagucauaacaagagaaguggguuuugucgugccugguuugccuggcac
gauauuacgcacaacuaauggugacuuuuugcauuucuuaccuagaguuuuuagugcaguugguaacaucuguuacacacca
ucaaaacuuauagaguacacugacuuugcaacaucagcuuguguuuuggcugcugaauguacaauuuuuaaagaugcuucug
guaagccaguaccauauuguuaugauaccaauguacuagaagguucuguugcuuaugaaaguuuacgcccugacacacguua
ugugcucauggauggcucuauuauucaauuuccuaacaccuaccuugaagguucuguuagagugguaacaacuuuugauucu
gaguacuguaggcacggcacuugugaaagaucagaagcugguguuuguguaucuacuagugguagauggguacuuaacaau
gauuauuacagaucuuuaccaggaguuuucugugguguagaugcuguaaauuuacuuacuaauauguuuacaccacuaauu
caaccuauuggugcuuuggacauaucagcaucuauaguagcuggugguauuguagcuaucguaguaacaugccuugccuacu
auuuuaugagguuuagaagagcuuuuggugaauacagucauguaguugccuuuaauacuuuacuauuccuuaugucauuca
cuguacucuguuuaacaccaguuuacucauucuuaccugguguuuauucuguuauuuacuuguacuugacauuuuaucuuac
uaaugauguuucuuuuuuagcacauauucaguggaugguuauguucacaccuuuaguaccuuucuggauaacaauugcuua
uaucauuuguauuuccacaaagcauuucuauugguucuuuaguaauuaccuaaagagacguguagucuuuaaugguguuuc
cuuuaguacuuuugaagaagcugcgcugugcaccuuuuuguuaaauaaagaaauguaucuaaaguugcguagugaugugcu
auuaccucuuacgcaauauaauagauacuuagcucuuuauaauaaguacaaguauuuuaguggagcaauggauacaacuagc
uacagagaagcugcuuguugucaucucgcaaaggcucucaaugacuucaguaacucagguucugauguucuuuaccaaccacc
acaaaccucuaucaccucagcuguuuugcag

Белтъчни ножици · NSP5

Този белтък прави повечето от скъсванията, които освобождават другите NSP вирусни белтъци, за да изпълняват собствените си задачи. NSP5 е подходяща мишена за лекарства срещу COVI9-19, защото блокирането му ще спре развитието на вируса. Вече има разработени лекарства (Калетра), които атакуват подобен белтък на вируса на СПИН. Но първите клинични изследвания засега показват, че те не са ефективни при лечение на COVID-19. Разработката на специфични инхибитори към NSP5 на коронавируса е една от надеждите за лечение на COVID-19.

Ген на NSP5:

agugguuuuagaaaaauggcauucccaucugguaaaguugaggguuguaugguacaaguaacuugugguacaacuacacuu
aacggucuuuggcuugaugacguaguuuacuguccaagacaugugaucugcaccucugaagacaugcuuaacccuaauuaug
aagauuuacucauucguaagucuaaucauaauuucuugguacaggcugguaauguucaacucaggguuauuggacauucua
ugcaaaauuguguacuuaagcuuaagguugauacagccaauccuaagacaccuaaguauaaguuuguucgcauucaaccagg
acagacuuuuucaguguuagcuuguuacaaugguucaccaucugguguuuaccaaugugcuaugaggcccaauuucacuauu
aaggguucauuccuuaaugguucaugugguaguguugguuuuaacauagauuaugacugugucucuuuuuguuacaugcac
cauauggaauuaccaacuggaguucaugcuggcacagacuuagaagguaacuuuuauggaccuuuuguugacaggcaaacag
cacaagcagcugguacggacacaacuauuacaguuaauguuuuagcuugguuguacgcugcuguuauaaauggagacaggug
guuucucaaucgauuuaccacaacucuuaaugacuuuaaccuuguggcuaugaaguacaauuaugaaccucuaacacaagacc
auguugacauacuaggaccucuuucugcucaaacuggaauugccguuuuagauaugugugcuucauuaaaagaauuacugca
aaaugguaugaauggacguaccauauuggguagugcuuuauuagaagaugaauuuacaccuuuugauguuguuagacaaug
cucagguguuacuuuccaa

Фабрика за мехурчета · NSP6

Работи с NSP3 и NSP4 за създаване на фабриките от мехурчета в заразената клетка, където се сглобяват структурите на новите вирусни частици.

Ген на NSP6:
agugcagugaaaagaacaaucaaggguacacaccacugguuguuacucacaauuuugacuucacuuuuaguuuuaguccaga
guacucaauggucuuuguucuuuuuuuuguaugaaaaugccuuuuuaccuuuugcuauggguauuauugcuaugucugcuu
uugcaaugauguuugucaaacauaagcaugcauuucucuguuuguuuuuguuaccuucucuugccacuguagcuuauuuua
auauggucuauaugccugcuaguugggugaugcguauuaugacaugguuggauaugguugauacuaguuugucugguuuu
aagcuaaaagacuguguuauguaugcaucagcuguaguguuacuaauccuuaugacagcaagaacuguguaugaugauggu
gcuaggagaguguggacacuuaugaaugucuugacacucguuuauaaaguuuauuaugguaaugcuuuagaucaagccauu
uccaugugggcucuuauaaucucuguuacuucuaacuacucagguguaguuacaacugucauguuuuuggccagagguauug
uuuuuauguguguugaguauugcccuauuuucuucauaacugguaauacacuucaguguauaaugcuaguuuauuguuucu
uaggcuauuuuuguacuuguuacuuuggccucuuuuguuuacucaaccgcuacuuuagacugacucuugguguuuaugauu
acuuaguuucuacacaggaguuuagauauaugaauucacagggacuacucccacccaagaauagcauagaugccuucaaacuc
aacauuaaauuguuggguguugguggcaaaccuuguaucaaaguagccacuguacag

Асистенти при копиране · NSP7 and NSP8

Тези два белтъка помагат на NSP12 да направи нови копия на вирусния РНК геном, които в крайна сметка се пакетират в новите вирусни частици.

Ген на NSP7:

ucuaaaaugucagauguaaagugcacaucaguagucuuacucucaguuuugcaacaacucagaguagaaucaucaucuaaau
ugugggcucaauguguccaguuacacaaugacauucucuuagcuaaagauacuacugaagccuuugaaaaaaugguuucacu
acuuucuguuuugcuuuccaugcagggugcuguagacauaaacaagcuuugugaagaaaugcuggacaacagggcaaccuua
caa

Ген на NSP8:

gcuauagccucagaguuuaguucccuuccaucauaugcagcuuuugcuacugcucaagaagcuuaugagcaggcuguugcua
auggugauucugaaguuguucuuaaaaaguugaagaagucuuugaauguggcuaaaucugaauuugaccgugaugcagcca
ugcaacguaaguuggaaaagauggcugaucaagcuaugacccaaauguauaaacaggcuagaucugaggacaagagggcaaa
aguuacuagugcuaugcagacaaugcuuuucacuaugcuuagaaaguuggauaaugaugcacucaacaacauuaucaacaau
gcaagagaugguuguguucccuugaacauaauaccucuuacaacagcagccaaacuaaugguugucauaccagacuauaacac
auauaaaaauacgugugaugguacaacauuuacuuaugcaucagcauugugggaaauccaacagguuguagaugcagauag
uaaaauuguucaacuuagugaaauuaguauggacaauucaccuaauuuagcauggccucuuauuguaacagcuuuaagggcc
aauucugcugucaaauuacag

В сърцето на клетката · NSP9

Този белтък образува малки канали в ядрото на заразената клетка, където се намира нашия геном. Може да е в състояние да повлияе на движението на молекулите във и извън ядрото - но за каква цел никой не знае.

Ген на NSP9:

aauaaugagcuuaguccuguugcacuacgacagaugucuugugcugccgguacuacacaaacugcuugcacugaugacaaugc
guuagcuuacuacaacacaacaaagggagguagguuuguacuugcacuguuauccgauuuacaggauuugaaaugggcuaga
uucccuaagagugauggaacugguacuaucuauacagaacuggaaccaccuuguagguuuguuacagacacaccuaaaggucc
uaaagugaaguauuuauacuuuauuaaaggauuaaacaaccuaaauagagguaugguacuugguaguuuagcugccacagu
acgucuacaa

Генно прикритие · NSP10

Човешките клетки имат антивирусни белтъци, които намират вирусна РНК и я разграждат. Белтъка NSP10 работи заедно с NSP16, за да замаскира гените на вируса, така че да не бъдат атакувани.

Ген на NSP10:

gcugguaaugcaacagaagugccugccaauucaacuguauuaucuuucugugcuuuugcuguagaugcugcuaaagcuuaca
aagauuaucuagcuagugggggacaaccaaucacuaauuguguuaagauguuguguacacacacugguacuggucaggcaau
aacaguuacaccggaagccaauauggaucaagaauccuuugguggugcaucguguugucuguacugccguugccacauagau
cauccaaauccuaaaggauuuugugacuuaaaagguaaguauguacaaauaccuacaacuugugcuaaugacccuguggguu
uuacacuuaaaaacacagucuguaccgucugcgguauguggaaagguuauggcuguaguugugaucaacuccgcgaacccau
gcuucag

Машина за копиране · NSP12

Този белтък синтезира генетичната информация на новите вирусни частици. Изследователите са открили, че антивирусният препарат ремдезивир пречи на NSP12 в други коронавируси и сега се провеждат опити, за да се установи дали лекарството може да лекува Covid-19:

Ген на NSP12:

ucagcugaugcacaaucguuuuuaaaca......ccgugcggcacaggcacuaguacugaugucguauacagggcuuuugacauc
uacaaugauaaaguagcugguuuugcuaaauuccuaaaaacuaauuguugucgcuuccaagaaaaggacgaagaugacaauu
uaauugauucuuacuuuguaguuaagagacacacuuucucuaacuaccaacaugaagaaacaauuuauaauuuacuuaagga
uuguccagcuguugcuaaacaugacuucuuuaaguuuagaauagacggugacaugguaccacauauaucacgucaacgucuu
acuaaauacacaauggcagaccucgucuaugcuuuaaggcauuuugaugaagguaauugugacacauuaaaagaaauacuug
ucacauacaauuguugugaugaugauuauuucaauaaaaaggacugguaugauuuuguagaaaacccagauauauuacgcg
uauacgccaacuuaggugaacguguacgccaagcuuuguuaaaaacaguacaauucugugaugccaugcgaaaugcugguau
uguugguguacugacauuagauaaucaagaucucaaugguaacugguaugauuucggugauuucauacaaaccacgccaggu
aguggaguuccuguuguagauucuuauuauucauuguuaaugccuauauuaaccuugaccagggcuuuaacugcagagucac
auguugacacugacuuaacaaagccuuacauuaagugggauuuguuaaaauaugacuucacggaagagagguuaaaacucu
uugaccguuauuuuaaauauugggaucagacauaccacccaaauuguguuaacuguuuggaugacagaugcauucugcauug
ugcaaacuuuaauguuuuauucucuacaguguucccaccuacaaguuuuggaccacuagugagaaaaauauuuguugauggu
guuccauuuguaguuucaacuggauaccacuucagagagcuagguguuguacauaaucaggauguaaacuuacauagcucua
gacuuaguuuuaaggaauuacuuguguaugcugcugacccugcuaugcacgcugcuucugguaaucuauuacuagauaaacg
cacuacgugcuuuucaguagcugcacuuacuaacaauguugcuuuucaaacugucaaacccgguaauuuuaacaaagacuucu
augacuuugcugugucuaaggguuucuuuaaggaaggaaguucuguugaauuaaaacacuucuucuuugcucaggauggua
augcugcuaucagcgauuaugacuacuaucguuauaaucuaccaacaaugugugauaucagacaacuacuauuuguaguuga
aguuguugauaaguacuuugauuguuacgaugguggcuguauuaaugcuaaccaagucaucgucaacaaccuagacaaauca
gcugguuuuccauuuaauaaaugggguaaggcuagacuuuauuaugauucaaugaguuaugaggaucaagaugcacuuuuc
gcauauacaaaacguaaugucaucccuacuauaacucaaaugaaucuuaaguaugccauuagugcaaagaauagagcucgcac
cguagcuggugucucuaucuguaguacuaugaccaauagacaguuucaucaaaaauuauugaaaucaauagccgccacuaga
ggagcuacuguaguaauuggaacaagcaaauucuauggugguuggcacaacauguuaaaaacuguuuauagugauguagaa
aacccucaccuuauggguugggauuauccuaaaugugauagagccaugccuaacaugcuuagaauuauggccucacuuguuc
uugcucgcaaacauacaacguguuguagcuugucacaccguuucuauagauuagcuaaugagugugcucaaguauugaguga
aauggucauguguggcgguucacuauauguuaaaccagguggaaccucaucaggagaugccacaacugcuuaugcuaauagu
guuuuuaacauuugucaagcugucacggccaauguuaaugcacuuuuaucuacugaugguaacaaaauugccgauaaguaug
uccgcaauuuacaacacagacuuuaugagugucucuauagaaauagagauguugacacagacuuugugaaugaguuuuacgc
auauuugcguaaacauuucucaaugaugauacucucugacgaugcuguuguguguuucaauagcacuuaugcaucucaaggu
cuaguggcuagcauaaagaacuuuaagucaguucuuuauuaucaaaacaauguuuuuaugucugaagcaaaauguuggacu
gagacugaccuuacuaaaggaccucaugaauuuugcucucaacauacaaugcuaguuaaacagggugaugauuauguguacc
uuccuuacccagauccaucaagaauccuaggggccggcuguuuuguagaugauaucguaaaaacagaugguacacuuaugau
ugaacgguucgugucuuuagcuauagaugcuuacccacuuacuaaacauccuaaucaggaguaugcugaugucuuucauuug
uacuuacaauacauaagaaagcuacaugaugaguuaacaggacacauguuagacauguauucuguuaugcuuacuaaugaua
acacuucaagguauugggaaccugaguuuuaugaggcuauguacacaccgcauacagucuuacag

Разгъващ РНК белтък · NSP13

Обикновено вирусната РНК се навива в сложни форми. Учените подозират, че NSP13 я разплита, така че NSP12 да може да прочете последователността ѝ и да направи нови копия.

Ген на NSP13:

gcuguuggggcuuguguucuuugcaauucacagacuucauuaagauguggugcuugcauacguagaccauucuuauguugu
aaaugcuguuacgaccaugucauaucaacaucacauaaauuagucuugucuguuaauccguauguuugcaaugcuccagguu
gugaugucacagaugugacucaacuuuacuuaggagguaugagcuauuauuguaaaucacauaaaccacccauuaguuuucc
auugugugcuaauggacaaguuuuugguuuauauaaaaauacauguguugguagcgauaauguuacugacuuuaaugcaa
uugcaacaugugacuggacaaaugcuggugauuacauuuuagcuaacaccuguacugaaagacucaagcuuuuugcagcaga
aacgcucaaagcuacugaggagacauuuaaacugucuuaugguauugcuacuguacgugaagugcugucugacagagaauua
caucuuucaugggaaguugguaaaccuagaccaccacuuaaccgaaauuaugucuuuacugguuaucguguaacuaaaaaca
guaaaguacaaauaggagaguacaccuuugaaaaaggugacuauggugaugcuguuguuuaccgagguacaacaacuuacaa
auuaaauguuggugauuauuuugugcugacaucacauacaguaaugccauuaagugcaccuacacuagugccacaagagcac
uauguuagaauuacuggcuuauacccaacacucaauaucucagaugaguuuucuagcaauguugcaaauuaucaaaagguug
guaugcaaaaguauucuacacuccagggaccaccugguacugguaagagucauuuugcuauuggccuagcucucuacuacccu
ucugcucgcauaguguauacagcuugcucucaugccgcuguugaugcacuaugugagaaggcauuaaaauauuugccuauag
auaaauguaguagaauuauaccugcacgugcucguguagaguguuuugauaaauucaaagugaauucaacauuagaacagu
augucuuuuguacuguaaaugcauugccugagacgacagcagauauaguugucuuugaugaaauuucaauggccacaaauu
augauuugaguguugucaaugccagauuacgugcuaagcacuauguguacauuggcgacccugcucaauuaccugcaccacgc
acauugcuaacuaagggcacacuagaaccagaauauuucaauucaguguguagacuuaugaaaacuauagguccagacaugu
uccucggaacuugucggcguuguccugcugaaauuguugacacugugagugcuuugguuuaugauaauaagcuuaaagcaca
uaaagacaaaucagcucaaugcuuuaaaauguuuuauaaggguguuaucacgcaugauguuucaucugcaauuaacaggcca
caaauaggcgugguaagagaauuccuuacacguaacccugcuuggagaaaagcugucuuuauuucaccuuauaauucacaga
augcuguagccucaaagauuuugggacuaccaacucaaacuguugauucaucacagggcucagaauaugacuaugucauauu
cacucaaaccacugaaacagcucacucuuguaauguaaacagauuuaauguugcuauuaccagagcaaaaguaggcauacuu
ugcauaaugucugauagagaccuuuaugacaaguugcaauuuacaagucuugaaauuccacguaggaauguggcaacuuu
acaa

Вирусен коректор · NSP14

При копиране на генетичната информация на коронавируса, белтъкът NSP12 понякога поставя грешни букви. NSP14 премахва тези грешки, така че вместо тях да може да се добави правилната буква.

Ген на NSP14:

gcugaaaauguaacaggacucuuuaaagauuguaguaagguaaucacuggguuacauccuacacaggcaccuacacaccuca
guguugacacuaaauucaaaacugaagguuuauguguugacauaccuggcauaccuaaggacaugaccuauagaagacuca
ucucuaugauggguuuuaaaaugaauuaucaaguuaaugguuacccuaacauguuuaucacccgcgaagaagcuauaagac
auguacgugcauggauuggcuucgaugucgaggggugucaugcuacuagagaagcuguugguaccaauuuaccuuuacagc
uagguuuuucuacagguguuaaccuaguugcuguaccuacagguuauguugauacaccuaauaauacagauuuuuccagag
uuagugcuaaaccaccgccuggagaucaauuuaaacaccucauaccacuuauguacaaaggacuuccuuggaauguagugcg
uauaaagauuguacaaauguuaagugacacacuuaaaaaucucucugacagagucguauuugucuuaugggcacauggcuu
ugaguugacaucuaugaaguauuuugugaaaauaggaccugagcgcaccuguugucuaugugauagacgugccacaugcuu
uuccacugcuucagacacuuaugccuguuggcaucauucuauuggauuugauuacgucuauaauccguuuaugauugaugu
ucaacaaugggguuuuacagguaaccuacaaagcaaccaugaucuguauugucaaguccaugguaaugcacauguagcuagu
ugugaugcaaucaugacuaggugucuagcuguccacgagugcuuuguuaagcguguugacuggacuauugaauauccuaua
auuggugaugaacugaagauuaaugcggcuuguagaaagguucaacacaugguuguuaaagcugcauuauuagcagacaaa
uucccaguucuucacgacauugguaacccuaaagcuauuaaguguguaccucaagcugauguagaauggaaguucuaugaug
cacagccuuguagugacaaagcuuauaaaauagaagaauuauucuauucuuaugccacacauucugacaaauucacagaugg
uguaugccuauuuuggaauugcaaugucgauagauauccugcuaauuccauuguuuguagauuugacacuagagugcuauc
uaaccuuaacuugccugguugugaugguggcaguuuguauguaaauaaacaugcauuccacacaccagcuuuugauaaaagu
gcuuuuguuaauuuaaaacaauuaccauuuuucuauuacucugacaguccaugugagucucauggaaaacaaguagugucag
auauagauuauguaccacuaaagucugcuacguguauaacacguugcaauuuagguggugcugucuguagacaucaugcuaa
ugaguacagauuguaucucgaugcuuauaacaugaugaucucagcuggcuuuagcuuguggguuuacaaacaauuugauac
uuauaaccucuggaacacuuuuacaagacuucag

Чистач · NSP15

Изследователите подозират, че този белтък разгражда остатъчната РНК на вируса, като по този начин му помагат да се скрие от антивирусната защита на заразената клетка.

Ген на NSP15:

agaguuuagaaaauguggcuuuuaauguuguaaauaagggacacuuugauggacaacagggugaaguaccaguuucuauca
uuaauaacacuguuuacacaaaaguugaugguguugauguagaauuguuugaaaauaaaacaacauuaccuguuaauguag
cauuugagcuuugggcuaagcgcaacauuaaaccaguaccagaggugaaaauacucaauaauuuggguguggacauugcugc
uaauacugugaucugggacuacaaaagagaugcuccagcacauauaucuacuauugguguuuguucuaugacugacauagcc
aagaaaccaacugaaacgauuugugcaccacucacugucuuuuuugaugguagaguugauggucaaguagacuuauuuagaa
augcccguaaugguguucuuauuacagaagguaguguuaaagguuuacaaccaucuguaggucccaaacaagcuagucuuaa
uggagucacauuaauuggagaagccguaaaaacacaguucaauuauuauaagaaaguugaugguguuguccaacaauuaccu
gaaacuuacuuuacucagaguagaaauuuacaagaauuuaaacccaggagucaaauggaaauugauuucuuagaauuagcu
auggaugaauucauugaacgguauaaauuagaaggcuaugccuucgaacauaucguuuauggagauuuuagucauagucag
uuaggugguuuacaucuacugauuggacuagcuaaacguuuuaaggaaucaccuuuugaauuagaagauuuuauuccuaug
gacaguacaguuaaaaacuauuucauaacagaugcgcaaacagguucaucuaaguguguguguucuguuauugauuuauua
cuugaugauuuuguugaaauaauaaaaucccaagauuuaucuguaguuucuaagguugucaaagugacuauugacuauaca
gaaauuucauuuaugcuuugguguaaagauggccauguagaaacauuuuacccaaaauuacaa

Още един камуфлаж· NSP16

NSP16 работи с NSP10, за да помогне на гените на вируса да се скрият от белтъци, които разграждат вирусна РНК.

Ген на NSP16:

ucuagucaagcguggcaaccggguguugcuaugccuaaucuuuacaaaaugcaaagaaugcuauuagaaaagugugaccuuc
aaaauuauggugauagugcaacauuaccuaaaggcauaaugaugaaugucgcaaaauauacucaacugugucaauauuuaaa
cacauuaacauuagcuguacccuauaauaugagaguuauacauuuuggugcugguucugauaaaggaguugcaccagguaca
gcuguuuuaagacagugguugccuacggguacgcugcuugucgauucagaucuuaaugacuuugucucugaugcagauucaa
cuuugauuggugauugugcaacuguacauacagcuaauaaaugggaucucauuauuagugauauguacgacccuaagacuaa
aaauguuacaaaagaaaaugacucuaaagaggguuuuuucacuuacauuuguggguuuauacaacaaaagcuagcucuugg
agguuccguggcuauaaagauaacagaacauucuuggaaugcugaucuuuauaagcucaugggacacuucgcaugguggaca
gccuuuguuacuaaugugaaugcgucaucaucugaagcauuuuuaauuggauguaauuaucuuggcaaaccacgcgaacaaa
uagaugguuaugucaugcaugcaaauuacauauuuuggaggaauacaaauccaauucaguugucuuccuauucuuuauuug
acaugaguaaauuuccccuuaaauuaagggguacugcuguuaugucuuuaaaagaaggucaaaucaaugauaugauuuuau
cucuucuuaguaaagguagacuuauaauuagagaaaacaacagaguuguuauuucuagugauguucuuguuaacaacuaaa
cgaaca

Белтъкът Шип · S

Шип (спайк) белтъкът е един от четирите структурни белтъка - S, E, M и N, които образуват външния слой на коронавируса и защитават РНК вътре. Структурните белтъци също помагат за сглобяването и освобождаването на нови копия на вируса. S белтъците образуват видни шипове по повърхността на вируса, като се подреждат в групи по три. Част от шипа разпознава белтъка, наречен ACE2 (в жълто отдолу), който се намира върху определени човешки клетки, и най-вече на тези разположени в белия дроб. Това свързване позволява на вируса да нахлуе в клетката.

Генът за шип белтъка в SARS-CoV-2 има допълнителни 12 генетични букви: ccucggcgggca. Тази мутация помага на шиповете на вируса да се свържат плътно с човешките клетки – решаваща стъпка в еволюцията му от вирус, който заразява прилепи и други видове, до вирус, който заразява хората.

Редица научни екипи сега създават ваксини, които биха могли да попречат на шиповете да се прикрепят към човешките клетки. Друга възможна форма на лечение е вкарването в човешкия организъм на ACE2 белтък, който не се свързва по повърхността на клетките. Този белтък ще се свърже с шиповете на вирусната частица и би могъл да намали възможността на вируса да разпознае клетъчния ACE2 и да зарази клетката.

Генът на шип белтъка:

auguuuguuuuucuuguuuuauugccacuagucucuagucaguguguuaaucuuacaaccagaacucaauuacccccugcau
acacuaauucuuucacacgugguguuuauuacccugacaaaguuuucagauccucaguuuuacauucaacucaggacuuguu
cuuaccuuucuuuuccaauguuacuugguuccaugcuauacaugucucugggaccaaugguacuaagagguuugauaacccu
guccuaccauuuaaugaugguguuuauuuugcuuccacugagaagucuaacauaauaagaggcuggauuuuugguacuacu
uuagauucgaagacccagucccuacuuauuguuaauaacgcuacuaauguuguuauuaaagucugugaauuucaauuuugu
aaugauccauuuuuggguguuuauuaccacaaaaacaacaaaaguuggauggaaagugaguucagaguuuauucuagugcg
aauaauugcacuuuugaauaugucucucagccuuuucuuauggaccuugaaggaaaacaggguaauuucaaaaaucuuagg
gaauuuguguuuaagaauauugaugguuauuuuaaaauauauucuaagcacacgccuauuaauuuagugcgugaucucccu
caggguuuuucggcuuuagaaccauugguagauuugccaauagguauuaacaucacuagguuucaaacuuuacuugcuuuac
auagaaguuauuugacuccuggugauucuucuucagguuggacagcuggugcugcagcuuauuauguggguuaucuucaac
cuaggacuuuucuauuaaaauauaaugaaaauggaaccauuacagaugcuguagacugugcacuugacccucucucagaaac
aaaguguacguugaaauccuucacuguagaaaaaggaaucuaucaaacuucuaacuuuagaguccaaccaacagaaucuauu
guuagauuuccuaauauuacaaacuugugcccuuuuggugaaguuuuuaacgccaccagauuugcaucuguuuaugcuugg
aacaggaagagaaucagcaacuguguugcugauuauucuguccuauauaauuccgcaucauuuuccacuuuuaaguguuaug
gagugucuccuacuaaauuaaaugaucucugcuuuacuaaugucuaugcagauucauuuguaauuagaggugaugaaguca
gacaaaucgcuccagggcaaacuggaaagauugcugauuauaauuauaaauuaccagaugauuuuacaggcugcguuauagc
uuggaauucuaacaaucuugauucuaagguuggugguaauuauaauuaccuguauagauuguuuaggaagucuaaucucaa
accuuuugagagagauauuucaacugaaaucuaucaggccgguagcacaccuuguaaugguguugaagguuuuaauuguua
cuuuccuuuacaaucauaugguuuccaacccacuaaugguguugguuaccaaccauacagaguaguaguacuuucuuuugaa
cuucuacaugcaccagcaacuguuuguggaccuaaaaagucuacuaauuugguuaaaaacaaaugugucaauuucaacuuca
augguuuaacaggcacagguguucuuacugagucuaacaaaaaguuucugccuuuccaacaauuuggcagagacauugcuga
cacuacugaugcuguccgugauccacagacacuugagauucuugacauuacaccauguucuuuugguggugucaguguuaua
acaccaggaacaaauacuucuaaccagguugcuguucuuuaucaggauguuaacugcacagaagucccuguugcuauucaugc
agaucaacuuacuccuacuuggcguguuuauucuacagguucuaauguuuuucaaacacgugcaggcuguuuaauaggggcu
gaacaugucaacaacucauaugagugugacauacccauuggugcagguauaugcgcuaguuaucagacucagacuaauucucc
ucggcgggcacguaguguagcuagucaauccaucauugccuacacuaugucacuuggugcagaaaauucaguugcuuacucu
aauaacucuauugccauacccacaaauuuuacuauuaguguuaccacagaaauucuaccagugucuaugaccaagacaucagu
agauuguacaauguacauuuguggugauucaacugaaugcagcaaucuuuuguugcaauauggcaguuuuuguacacaauu
aaaccgugcuuuaacuggaauagcuguugaacaagacaaaaacacccaagaaguuuuugcacaagucaaacaaauuuacaaaa
caccaccaauuaaagauuuuggugguuuuaauuuuucacaaauauuaccagauccaucaaaaccaagcaagaggucauuuau
ugaagaucuacuuuucaacaaagugacacuugcagaugcuggcuucaucaaacaauauggugauugccuuggugauauugcu
gcuagagaccucauuugugcacaaaaguuuaacggccuuacuguuuugccaccuuugcucacagaugaaaugauugcucaau
acacuucugcacuguuagcggguacaaucacuucugguuggaccuuuggugcaggugcugcauuacaaauaccauuugcuau
gcaaauggcuuauagguuuaaugguauuggaguuacacagaauguucucuaugagaaccaaaaauugauugccaaccaauu
uaauagugcuauuggcaaaauucaagacucacuuucuuccacagcaagugcacuuggaaaacuucaagauguggucaaccaaa
augcacaagcuuuaaacacgcuuguuaaacaacuuagcuccaauuuuggugcaauuucaaguguuuuaaaugauauccuuuc
acgucuugacaaaguugaggcugaagugcaaauugauagguugaucacaggcagacuucaaaguuugcagacauaugugacu
caacaauuaauuagagcugcagaaaucagagcuucugcuaaucuugcugcuacuaaaaugucagaguguguacuuggacaau
caaaaagaguugauuuuuguggaaagggcuaucaucuuauguccuucccucagucagcaccucaugguguagucuucuugca
ugugacuuaugucccugcacaagaaaagaacuucacaacugcuccugccauuugucaugauggaaaagcacacuuuccucgug
aaggugucuuuguuucaaauggcacacacugguuuguaacacaaaggaauuuuuaugaaccacaaaucauuacuacagacaa
cacauuugugucugguaacugugauguuguaauaggaauugucaacaacacaguuuaugauccuuugcaaccugaauuagac
ucauucaaggaggaguuagauaaauauuuuaagaaucauacaucaccagauguugauuuaggugacaucucuggcauuaau
gcuucaguuguaaacauucaaaaagaaauugaccgccucaaugagguugccaagaauuuaaaugaaucucucaucgaucucc
aagaacuuggaaaguaugagcaguauauaaaauggccaugguacauuuggcuagguuuuauagcuggcuugauugccauag
uaauggugacaauuaugcuuugcuguaugaccaguugcuguaguugucucaagggcuguuguucuuguggauccugcugca
aauuugaugaagacgacucugagccagugcucaaaggagucaaauuacauuacacauaaacgaacuu

Беглец · ORF3a

SARS-CoV-2 геномът също кодира група от така наречените „подпомагащи белтъци“. Те помагат да се промени средата вътре в заразената клетка, за да се улесни намножаването на вируса. Белтъкът ORF3a пробива дупка в мембраната на заразена клетка, което улеснява бягството на нови вируси. Той също така задейства възпалението, един от най-опасните симптоми на Covid-19.

Ген на ORF3a:

auggauuuguuuaugagaaucuucacaauuggaacuguaacuuugaagcaaggugaaaucaaggaugcuacuccuucagau
uuuguucgcgcuacugcaacgauaccgauacaagccucacucccuuucggauggcuuauuguuggcguugcacuucuugcugu
uuuucagagcgcuuccaaaaucauaacccucaaaaagagauggcaacuagcacucuccaaggguguucacuuuguuugcaacu
ugcuguuguuguuuguaacaguuuacucacaccuuuugcucguugcugcuggccuugaagccccuuuucucuaucuuuaugc
uuuagucuacuucuugcagaguauaaacuuuguaagaauaauaaugaggcuuuggcuuugcuggaaaugccguuccaaaaa
cccauuacuuuaugaugccaacuauuuucuuugcuggcauacuaauuguuacgacuauuguauaccuuacaauaguguaacu
ucuucaauugucauuacuucaggugauggcacaacaaguccuauuucugaacaugacuaccagauuggugguuauacugaaa
aaugggaaucuggaguaaaagacuguguuguauuacacaguuacuucacuucagacuauuaccagcuguacucaacucaauu
gaguacagacacugguguugaacauguuaccuucuucaucuacaauaaaauuguugaugagccugaagaacauguccaaauu
cacacaaucgacgguucauccggaguuguuaauccaguaauggaaccaauuuaugaugaaccgacgacgacuacuagcgugcc
uuuguaagcacaagcugaugaguacgaacuu

Покриващия белтък · E

Белтъкът Е е структурен протеин, който помага за формирането на мастната обвивка на вируса. Може също да има работа, която да върши, след като вирусът е вътре в клетката. Изследователите са открили, че той се свързва към белтъци, които помагат да включваме и изключваме собствените си гени. Възможно е Е белтъкът да променя регулацията на човешките гени.

Ген на белтъка Е:

auguacucauucguuucggaagagacagguacguuaauaguuaauagcguacuucuuuuucuugcuuucgugguauucuug
cuaguuacacuagccauccuuacugcgcuucgauugugugcguacugcugcaauauuguuaacgugagucuuguaaaaccuu
cuuuuuacguuuacucucguguuaaaaaucugaauucuucuagaguuccugaucuucuggucuaaacgaacuaaauauuaua
uuaguuuuucuguuuggaacuuuaauuuuagcc

Мембранен белтък · M

Друг структурен белтък, който формира част от външната обвивка на вируса.

Ген на белтъка М:

auggcagauuccaacgguacuauuaccguugaagagcuuaaaaagcuccuugaacaauggaaccuaguaauagguuuccuau
uccuuacauggauuugucuucuacaauuugccuaugccaacaggaauagguuuuuguauauaauuaaguuaauuuuccucu
ggcuguuauggccaguaacuuuagcuuguuuugugcuugcugcuguuuacagaauaaauuggaucaccgguggaauugcua
ucgcaauggcuugucuuguaggcuugauguggcucagcuacuucauugcuucuuucagacuguuugcgcguacgcguuccau
guggucauucaauccagaaacuaacauucuucucaacgugccacuccauggcacuauucugaccagaccgcuucuagaaagug
aacucguaaucggagcugugauccuucguggacaucuucguauugcuggacaccaucuaggacgcugugacaucaaggaccug
ccuaaagaaaucacuguugcuacaucacgaacgcuuucuuauuacaaauugggagcuucgcagcguguagcaggugacucag
guuuugcugcauacagucgcuacaggauuggcaacuauaaauuaaacacagaccauuccaguagcagugacaauauugcuuu
gcuuguacaguaagugacaacag

Заглушител · ORF6

Този помощен белтък блокира сигнали, които заразената клетка изпраща, за да активира имунната система. Той също така блокира някои от собствените белтъци на клетката, които ѝ помагат при борбата с вируса - същите, които са насочени и срещу други вируси, като например полиомиелит и грип.

Ген на ORF6

auguuucaucucguugacuuucagguuacuauagcagagauauuacuaauuauuaugaggacuuuuaaaguuuccauuugg
aaucuugauuacaucauaaaccucauaauuaaaaauuuaucuaagucacuaacugagaauaaauauucucaauuagaugaag
agcaaccaauggagauugauuaaacgaac

Вирусен освободител · ORF7a

Когато новите вируси се опитват да избягат от клетката, клетката може да ги задържи с белтък, наречен тетерин. Някои изследвания сочат, че ORF7a намалява снабдяването на заразена клетка с тетерин, което позволява на повече от вирусите да избягат. Изследователите са открили също, че белтъкът може да задейства заразените клетки да се самоубият - което допринася за увреждането, причинявано при Covid-19 на белите дробове.

Ген на ORF7a:

augaaaauuauucuuuucuuggcacugauaacacucgcuacuugugagcuuuaucacuaccaagaguguguuagagguacaa
caguacuuuuaaaagaaccuugcucuucuggaacauacgagggcaauucaccauuucauccucuagcugauaacaaauuugca
cugacuugcuuuagcacucaauuugcuuuugcuuguccugacggcguaaaacacgucuaucaguuacgugccagaucaguuu
caccuaaacuguucaucagacaagaggaaguucaagaacuuuacucuccaauuuuucuuauuguugcggcaauaguguuuau
aacacuuugcuucacacucaaaagaaagacagaaugauugaacuuucauuaauugacuucuauuugugcuuuuuagccuuuc
ugcuauuccuuguuuuaauuaugcuuauuaucuuuugguucucacuugaacugcaagaucauaaugaaacuugucacgccua
aacgaac

Мистериозният белтък · ORF8

Генът на този помощен белтък е драстично различен при SARS-CoV-2, отколкото в други коронавируси. Изследователите дебатират какво прави.

Ген на ORF8:

augaaauuucuuguuuucuuaggaaucaucacaacuguagcugcauuucaccaagaauguaguuuacagucauguacucaac
aucaaccauauguaguugaugacccguguccuauucacuucuauucuaaaugguauauuagaguaggagcuagaaaaucagc
accuuuaauugaauugugcguggaugaggcugguucuaaaucacccauucaguacaucgauaucgguaauuauacaguuucc
uguuuaccuuuuacaauuaauugccaggaaccuaaauuggguagucuuguagugcguuguucguucuaugaagacuuuuua
gaguaucaugacguucguguuguuuuagauuucaucuaaacgaacaaacuaaa

Нуклеокапсид · N

Много N белтъци се свързват заедно в дълга спирала, обвивайки и опаковайки РНК. Така N белтъкът защитава РНК на вируса, поддържайки я стабилна във вътрешността на вируса:

Ген на N белтъка:

augucugauaauggaccccaaaaucagcgaaaugcaccccgcauuacguuugguggacccucagauucaacuggcaguaacca
gaauggagaacgcaguggggcgcgaucaaaacaacgucggccccaagguuuacccaauaauacugcgucuugguucaccgcuc
ucacucaacauggcaaggaagaccuuaaauucccucgaggacaaggcguuccaauuaacaccaauagcaguccagaugaccaaa
uuggcuacuaccgaagagcuaccagacgaauucgugguggugacgguaaaaugaaagaucucaguccaagaugguauuucua
cuaccuaggaacugggccagaagcuggacuucccuauggugcuaacaaagacggcaucauauggguugcaacugagggagccu
ugaauacaccaaaagaucacauuggcacccgcaauccugcuaacaaugcugcaaucgugcuacaacuuccucaaggaacaacau
ugccaaaaggcuucuacgcagaagggagcagaggcggcagucaagccucuucucguuccucaucacguagucgcaacaguuca
agaaauucaacuccaggcagcaguaggggaacuucuccugcuagaauggcuggcaauggcggugaugcugcucuugcuuugc
ugcugcuugacagauugaaccagcuugagagcaaaaugucugguaaaggccaacaacaacaaggccaaacugucacuaagaaa
ucugcugcugaggcuucuaagaagccucggcaaaaacguacugccacuaaagcauacaauguaacacaagcuuucggcagacg
ugguccagaacaaacccaaggaaauuuuggggaccaggaacuaaucagacaaggaacugauuacaaacauuggccgcaaauug
cacaauuugcccccagcgcuucagcguucuucggaaugucgcgcauuggcauggaagucacaccuucgggaacgugguugacc
uacacaggugccaucaaauuggaugacaaagauccaaauuucaaagaucaagucauuuugcugaauaagcauauugacgcau
acaaaacauucccaccaacagagccuaaaaaggacaaaaagaagaaggcugaugaaacucaagccuuaccgcagagacagaag
aaacagcaaacugugacucuucuuccugcugcagauuuggaugauuucuccaaacaauugcaacaauccaugagcagugcug
acucaacucaggccuaaacucaugcagaccacacaaggcag

Помощните белтъци ORF9b и ORF9c припокриват същия този участък от РНК. ORF9b блокира интерферона, ключова молекула при защита срещу вируси, но не е ясно дали ORF9c се използва изобщо.

Мистериозният белтък · ORF10

Близки роднини на вируса SARS-CoV-2 нямат гена за този мъничък белтък, така че е трудно да се разбере все още за какво служи той- или дори дали вирусът произвежда белтъци от него.

Ген на ORF10:

augggcuauauaaacguuuucgcuuuuccguuuacgauauauagucuacucuugugcagaaugaauucucguaacuacauag
cacaaguagauguaguuaacuuuaaucucacauag

Край

Коронавирусният геном завършва с фрагмент от РНК, който възпрепятства клетъчната машина за производство на белтъци.

aaaaaaaaaaaaacaaucuuuaaucaguguguaacauuagggaggacuugaaagag
ccaccacauuuucaccgaggccacgcggaguacgaucgaguguacagugaacaaugcuag
ggagagcugccuauauggaagagcccuaauguguaaaauuaauuuuaguagugcuaucc
ccaugugauuuuaauagcuucuuaggagaaugacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaa

Забележка: Четирите букви на ДНК са A, C, G и T. В молекулите на РНК като гена на коронавирус, Т (тиминът) се заменя с U (урацил).

Източници: Fan Wu et al., Nature; Национален център за биотехнологична информация; Д-р Дейвид Гордън, Калифорнийски университет, Сан Франциско; Д-р Матю Б. Фрийман и д-р Стюарт Уестън от Университета в Мериленд; Д-р Pleuni Pennings, Държавен университет в Сан Франциско; Списание по вирусология; Годишни pревюта по вирусологията.

Източници на моделите: Коронавирус от Мария Войгт, RCSB Protein Data Bank със седалище в Университета Рутгерс - Ню Брънсуик; Модела на белтъците от изследователската група на Ян Джан, Университета на Мичиган.

***

Статията е любезно предоставена от автора й, проф. д-р Стойно Стойнов, молекулярен биолог в Института по Молекулярна Биология БАН

Статията е превод на Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome, New York Times

Още по темата

31/03/2020

Животът

Защо трябва всички да използваме маски - нови научни твърдения

20/03/2020

Животът

Не, този вирус не е биологично оръжие

14/03/2020

Животът

В генома на коронавируса откриха първото голямо изменение

08/03/2020

Животът

Коронавирус: Как става тестването и как работи тестът?