04 август 2021
Категории
  •  Космос
  •  Физика
  •  Науки за земята
  •  Биология
  •  Медицина
  •  Математика
  •  Научни дискусии
  •  Разни
FACEBOOK

Учен възстановява данните за коронавирусни декодирания, тайно изтрити миналата година в Ухан

Той намира 13 секвенции от някои от най-ранните случаи във Ухан.

| ПОСЛЕДНА ПРОМЯНА 24 юни 2021 в 07:24 35000
(CC BY-NC-SA 4.0)

Разкриването на историята за произхода на SARS-CoV-2, коронавирусът, отговорен за близо 3,9 милиона смъртни случая в световен мащаб, е до голяма степен затруднено от липсата на достъп до информация от Китай, където се появиха първите случаи.

Сега изследовател е изровил изтрити файлове от Google Cloud, които разкриват 13 частични генетични секвенции на някои от най-ранните случаи на COVID-19 в Ухан, съобщава Карл Цимер (Carl Zimmer) за The New York Times.

Данните от секвенциите не наклоняват везните към някоя от многото теории за това как е възникнал SARS-CoV-2 - те не показват, че вирусът е изтекъл от лабораторията в Ухан, нито предполагат естествено събитие.

Но подтвърждават идеята, че новият коронавирус е циркулирал по-рано от първото голямо огнище на "мокрия" пазар в Ухан.

За да се определи точно как и къде е произлязъл вирусът, учените трябва да намерят така наречения вирус-предшественик, този, от който произлизат всички останали щамове. Досега най-ранните секвенции са предимно онези, взети от случаите на пазара на морски дарове Хуанан в Ухан, за който първоначално се смяташе, че новият коронавирус се е появил за първи път в края на декември 2019 г. Но случаите от началото на декември и още от ноември 2019 г. нямат никакви връзки с пазара, което показва, че вирусът е възникнал от друго място.

Съществува един голям проблем с тези първи генетични секвенции. Тези от случаите, открити на пазара, включват три мутации, които липсват във вирусни проби от случаите, появили се седмици по-късно извън пазара. Вирусите без тези три мутации, съвпадат по-тясно с коронавирусите, открити при подковоносите (Rhinolophidae) прилепи. Учените са почти сигурни, че новият коронавирус по някакъв начин се е появил от прилепите, така че е логично да се предположи, че предшественикът няма да има от тези мутации.

Сега Джеси Блум (Jesse Bloom) от Медицинския институт "Хауърд Хюз" в Сиатъл установява, че изтритите секвенции - вероятно някои от най-ранните проби - също са лишени от тези мутации. (Блум е водещият автор в писмо, публикувано през май в списание Science, призоваващо към безпристрастно разследване на произхода на коронавируса.)

"Те са с три стъпки по-сходни с коронавирусите на прилепите, отколкото вирусите от рибния пазар Хуанан", обяснява Блум пред The ​​New York Times. Тези нови данни намекват, че вирусът е циркулирал в Ухан много преди да се появи на пазара на морски дарове, отбелязва Блум.

„Този ​​факт предполага, че секвенциите от пазара, които са основният фокус на геномната епидемиология в съвместния доклад на СЗО и Китай ... не са представителни за вирусите, циркулиращи в Ухан в края на декември 2019 г. и началото на януари 2020 г.", пише Блум в статията си, качена на 22 юни в базата данни за препринти bioRxiv.

Според Цимер преди около година 241 генетични секвенции от пациенти с коронавирус са изчезнали от онлайн база данни, наречена Sequence Read Archive, поддържана от Националния здравен институт (NIH).

Блум забелязва липсващите секвенции, когато попада на електронна таблица в проучване, публикувано през май 2020 г. в списание PeerJ, в което авторите изброяват 241 генетични секвенции на SARS-CoV-2 до края на март 2020 г . Секвенциите са били част от проект на Университета в Ухан, наречен PRJNA612766, и се предполага, че са качени в архива за четене на секвенции. Блум търси в архивната база данни на секвенциите и получава съобщението „Няма намерени елементи“, пише Блум в статията в bioRxiv, която все пак трябва да се каже, че не е рецензирана.

Неговото изследване разкрива, че изтритите секвенции са събрани от болница Aisu Fu и Renmin от Университета в Ухан, а препринт на изследването, публикувано от тези секвенции (Wang et al. 2020), предполага, че те идват от проби от носа на амбулаторни пациенти с подозрение за COVID-19 в началото на епидемията.

Блум не намира никакво обяснение защо секвенциите са били изтрити и имейлите му със запитване по този въпрос до двамата автори, не получават отговор.

„Няма правдоподобна научна причина за заличаването: секвенциите са напълно съобразени с пробите, описани в Wang et al. (2020a, b)“, пише Блум в bioRxiv. "Няма корекции на статията, в нея се посочва, че е получено одобрение от хората и за секвенциите няма доказателства за замърсяване с плазмид или проба от проба. Следователно изглежда вероятно секвенциите да са били изтрити, за да се скрие съществуването им".

Блум отбелязва няколко ограничения на своето проучване, главно, че секвенциите са частични и не включват информация, която да дава ясна дата или място на събиране - информация от решаващо значение за проследяването на вируса до неговия произход.

Независимо от това, Блум смята, че разглеждането по-задълбочено на архивирани данни от NIH и други организации - и обединяването на секвенциите - може да помогне да се изготви по-ясна картина както на произхода, така и на ранното разпространение на SARS-CoV-2, без да е необходимо проучвания на терен в Китай.

Справка: Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic
Jesse D. Bloom,  doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.18.449051;  June 22, 2021. bioRxiv,  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v1.full.pdf

Източник: Scientist recovers coronavirus gene sequences secretly deleted last year in Wuhan
Jeanna Bryner - Live Science


Няма коментари към тази новина !

 
Още от : Новини
Всички текстове и изображения публикувани в OffNews.bg са собственост на "Офф Медия" АД и са под закрила на "Закона за авторското право и сродните им права". Използването и публикуването на част или цялото съдържание на сайта без разрешение на "Офф Медия" АД е забранено.