20 януари 2022
Категории
  •  Космос
  •  Физика
  •  Науки за земята
  •  Биология
  •  Медицина
  •  Математика
  •  Научни дискусии
  •  Разни
FACEBOOK

Как се тества и изследва варианта Омикрон? Отговаря Д-р Димов

| ПОСЛЕДНА ПРОМЯНА 05 декември 2021 в 11:40 54230
Кредит: SAMRC

С появата на варианта Омикрон се появиха и много въпроси, в това число за тестването му и процеса на изследване на новите щамове. Това е и областта на интерес и компетентност на д-р Иван Димов, доктор по бионанотехнологии от Кеймбридж.

"Основното нещо е, че е твърде рано да приемаме че щама е отслабен, и бих бил скептичен към решителни оптимистични прогнози. Особено взимайки предвид разликите във ваксинационното покритие между България и останалата Европа", коментира д-р Димов.

Как се различават вариантите?

Част от всички позитивни PCR проби биват изпратени за целогеномна секвенция. Това е по-подробно, нерутинно изследване. При него се разчита целият РНК геном на вируса. Знаейки този РНК геном (генетичен код), ние можем да сравняваме промените в него спрямо предишни проби. Също така, знаейки този РНК генетичен код, ние на практика имаме пълните “чертежи“, които вируса използва за създаване на копията си, и по-точно на набора от своите протеини (т.е. белтъци), които участват в сглобяването на нови вирусни частици. По-съвременна метафора би била, че генома е сорс кода, докато протеините на вируса са компилираната програма.

Тази информация ни позволява да отговаряме на въпроси от чисто практическо, клинично значение, както и на по-академични такива. Също, тази форма на наблюдение ни представлява един вид златен стандарт – с нея можем да се уверим каква част от тестовете са били фалшиво положителни (около 1-3% са цифрите, които са ми попадали).

Как се преценява дали един вариант е по-опасен от друг?

Споменах в отговора на предишния въпрос, че знанията за генома на вируса ни дават отговор на конкретни въпроси – това е един от тях. В случая има две конкретни линии на отговор – молекулярно-биологична и епидемиологична.

Имайки генетичния код за шиповия протеин например, можем да произвеждаме в епруветка, и да ги прикрепяме за т.нар. псевдовируси. С тази псеводвирусна технология се извършват тестовете за неутрализиращи антитела. Имайки тази информация, може да се сглобяват псевдовируси с шиповете на различните варианти, и да се сравнява ефективността им в инфектиране на клетки в епруветка, в присъствието на моноклонални антитела, серум от преболедували, ваксинирани и т.н. Това ни дава молекулярно-биологична гледна точка, и може да послужи или като прогноза (както в случая се опитваме да направим с Омикрон).

Естествено, и другите протеини на вируса могат да бъдат обект на разследване, не само шипа. Параметрите на вирсуа, които обусляват опасността на даден вариант обаче, не се изчерпват със способността му да избягва антитела или да се свързва с нашите клетки. Зависи и от скоростта с която той се размножава, веднъж инфектирал клетката, от термодинамичната му стабилност в околната среда, от температурната му адаптация, способността му да потиска интерферонната сигнализация (важна част от вродения имунитет). Всички тези неща ограничават в известна степен практическата стойност на изводите от молекулярно-биологичните анализи, довеждайки ни до втората гледна точка.

Другата линия на разследване е епидемиологичната. В крайна сметка, важното е разпространението, тежките и леките случаи, и това е решаващото за здравната политика в даден момент. Епидемиологичните характеристки освен от гореспоменатите молекулярно-биологични свойства, зависят и от характеристиките на населението и средата – средна възраст, гъстота, сезон, ваксинално покритие и генетични особености. Съпоставяйки разпространението на вируса като цяло, с това на конкретен вариант ни дава решаващата информация дали той е опасен.

Ако трябва да резюмирам последния въпрос – твърдения от типа “вирусът отслабва“, за да бъдат взети насериозно, трябва да има епидемиологични и молекулярно-биологични данни за това, които да не са в конфликт едни с други.

Конкретно за Омикрон, как се преценява че е рисков?

Преди няколко месеца излязоха публикации, в които се говореше за “супер имунитет“ на преболедувалите, впоследствие ваксинирани. Като част от тези публикации, екипът, работещ върху въпроса бе изготвил редица варианти на шипа на коронавируса, и бяха извършени гореописаните експерименти с псевдовируси, в които се сравнява способността им да инфектират клетки в епруветка, отново в присъствие на серуми от преболедували, ваксинирани и хибридно имунизирани (преболедуване + ваксина).

Това проучване послужи като един вид молекулярно разузнаване – какви мутации на вируса биха му дали преимущество в инфектирането на преболедували и/или ваксинирани. В хода на това проучване са открити различни мутации по шипа, които му помагат да избягва различни типове антитела.

Един от шиповете е със 20 различни мутации спрямо оригиналния щам, и успява да ефикасно да избегне антитела от ваксинирани или преболедували, но не и от хибридно имунизираните.

Шипът на Омикрон има 32 мутации в шипа, спрямо оригиналния щам (общо са 50 в целия вирус). Много от тези мутации са наблюдавани в други варианти, в природата, а някои са наблюдавани и в молекулярното разузнаване, описано горе. Има и други напълно непознати за нас. Припокриването на толкова известни и доказано избягващи имунитета мутации е ранното предупреждение, което притеснява всички. Наличието на ненаблюдавани досега мутации също. Допълнително, много от тези мутации са наблюдавани по отделно, а не в настоящия букет. Често пъти ефектът от такива струпвания на мутации не е просто сума от ефектите на отделните мутации (явление, наречено епистазис). Вирусът може да е ударил джакпот, а може и да е прибегнал и до такива средства като компенсация за други мутации, които да отслабват ефекта от избягване на антителата (например температурна адаптация към горните дихателни пътища). На този етап не може да се каже със сигурност, и за това много държави избират превантивния подход. Също ефекта върху клетъчния имунитет остава да бъде разгадан.

Вярно ли е, че PCR тестовете не засичат Омикрон?

Този въпросе понякога искрен, но понякога е част от една дълга канонада за дискредитиране на PCR диагностиката. След 40 години молекулярна биология да се твърди, че PCR е неспецифичен тест, е като да се твърди, че калкулаторите всъщност не могат да умножават две двуцифрени числа правилно, след последните 60 години микроелектроника. С това лирично отклонение настрана, ще отговаря по същество.

Генът за шипа на Омикрон има много мутации, някои от които са в региони от гена, които PCR тестовете на някои производители използват за откриването на шипа. Понеже появата на такива варианти беше нещо очаквано от самото начало, в PCR тестовете има гените за няколко протеина на коронавируса – идеята е, че дори и един да бъде изпуснат, другите два гена биха позитивирали (също има и четвърти контролен ген, който е обичайно често срещан човешки ген – ако той не позитивира, пробата е невалидна). Подобно засичане на два от три гена не е нещо ново – Алфа варианта от миналия ноември имаше същото поведение.

Ще си позволя да парирам въпроса – в момента се проверява доколко антигенните тестове са способни да засичат Омикрон (да засичат – не да го различават). Предварителни данни от Германия показват че антигенните тестове са способни да го засичат – пробвано е с единични проби от антигенни тестове от разлчини производители. Не ми е известно дали има анализ на специфичност и сензитивност, в детайли обаче – за това отново ще се чака


Няма коментари към тази новина !

 
Още от : Новини
Всички текстове и изображения публикувани в OffNews.bg са собственост на "Офф Медия" АД и са под закрила на "Закона за авторското право и сродните им права". Използването и публикуването на част или цялото съдържание на сайта без разрешение на "Офф Медия" АД е забранено.